秦淮河古称龙藏浦、后称淮水，直到唐代诗人杜牧作《泊秦淮》之后才被广泛称为“秦淮河”。秦淮河有南北两源，北源句容河发源于句容市宝华山南麓，南源溧水河发源于南京市溧水区东庐山，两河在南京市江宁区方山埭西北村汇合成秦淮河干流，绕过方山向西北至南京城外城城门上坊门进入南京市区。秦淮河在南京城东南通济门外九龙桥处分为内、外两支：内秦淮为正流，过九龙桥直向西，由东水关进入南京城，向西流至淮清桥与青溪会合，再向西南在利涉桥汇小运河，再经文德桥、武定桥、镇淮桥转折向西北，过新桥至上浮桥、陡门桥，与运渎会合，再过下浮桥，向西经过南京夫子庙，从西水关出城；外秦淮在南京城南外绕行，是五代十国时开凿的护城河，过九龙桥向南转折向西，经长干桥后汇合落马涧，向西至赛虹桥、觅渡桥在西水关外与内秦淮复合，内外秦淮合流后向北经草场门、定淮门、石头城，在三汊河汇入长江。外秦淮在与内秦淮合流前，在赛虹桥分出支流，过江东桥在北河口入江。秦淮河在从三汊河入江以前分出支流惠民河，向东北经中山桥至下关入江。秦淮河从北源至三汊河全长110公里，全流域面积2630平方公里，内外秦淮河合流之后的武定门闸处的多年平均流量为15立方米每秒。此外，在江宁东山与长江之间还有一条17公里长的秦淮新河，是1981年建成的人工河道，经西善桥到金胜村入江，河口设节制闸和抽水站。
内秦淮河全长9.6华里，称为“十里秦淮”，六朝时为都城内繁华的居民区和商业区，隋灭陈后凋敝。明清时复兴，内秦淮两岸人烟稠密，金粉楼台，十分繁华。明清时代此地设有江南贡院，还有明太祖朱元璋设立的官营艺妓院“富乐院”，也称“旧院”，与江南贡院隔河相望。明崇祯末年散文家张岱在《秦淮河房》一文中描写秦淮河的盛况：“秦淮河河房，便寓、便交际、便淫冶，房值甚贵，而寓之者无虚日。画船萧鼓，去去来来，周折其间。河房之外，家有露台，朱栏绮疏，竹帘纱幔。夏月浴罢，露台杂坐。两岸水楼中，茉莉风起动儿女香甚。女各团扇轻绔，缓鬓倾髻，软媚着人。年年端午，京城士女填溢，竞看灯船。”清康熙年间余怀在《板桥杂记·秦淮灯船》也描述秦淮灯船之盛况：“秦淮灯船之盛，天下所无。两岸河房，雕栏画槛，绮窗丝障，十里珠帘。”
现在的“十里秦淮”风光带是以夫子庙为中心、庙市街景合一的夫子庙秦淮风光带景区。